Dalam biologi molekul, domain protein ialah kawasan rantai polipeptida protein yang menstabilkan diri dan berlipat bebas daripada yang lain. Setiap domain membentuk struktur tiga dimensi terlipat padat. Banyak protein terdiri daripada beberapa domain, dan domain mungkin muncul dalam pelbagai protein yang berbeza. Evolusi molekul menggunakan domain sebagai blok binaan, dan ini mungkin digabungkan semula dalam susunan yang berbeza untuk mencipta protein dengan fungsi yang berbeza. Secara umum, panjang domain berbeza-beza dari antara kira-kira 50 asid amino sehingga 250 asid amino panjangnya.[1] Domain terpendek seperti jejari zink, distabilkan oleh ion logam atau jambatan disulfida. Domain selalunya membentuk unit berfungsi seperti domain tangan EF yang mengikat kalsium dalam kalmodulin. Oleh kerana ia stabil secara bebas, domain boleh "ditukar" oleh kejuruteraan genetik antara satu protein dengan protein lain untuk membuat protein kimera.